在使用功能上，保密柜用于储存国家机要秘密文件或商业秘密载体，而保险柜一般用于存放贵重物品及财产。

在管理制度上，保密柜有严格的保密要求，比如开启需要登记，非法打开会触发警报，操作行为有记录等。而保险柜配有钥匙、密码锁等多种方式可找回密匙，安全隐患较大。